"All my testing worked, so I am marking as resolved. Changes are available in
current 3.1.1 and 3.2 builds (on committer download page). 3.2 I-build has been
promoted to public download page already, next 3.1M build posted will also have the change."
En palabras simples las versiones builds 3.1.1 y 3.2 ya tienen solucionado el bug pero para todos los que como yo no tienen deseo de hacer esa actualizacion tambien pueden hacer los siguiente dos pasos:
1- En la Install New Software coloquen la siguiente url:
https://ajax.dev.java.net/eclipse

2- Espera e instala el Glassfish J2EE 5 que aparece, reinicia(el IDE) y continua trabajando....

Listo eso era todo. Por cierto la info tambien la obtuve de eclipse bugs
